在本次网络讲座中，我们的深度学习和高内涵筛选专家 Manoel 和 Shohei 将介绍 scanR 系统的分析方法构建。scanR 系统是奥林巴斯的专用高内涵筛查平台，其独特的样品导航方法和分析灵感来自流式细胞术。
常见问题解答网络讲座常见问题解答 | 高内涵筛查：量身定制的分析让一切变得简单有些细胞呈现两种不同的颜色（例如绿色和蓝色），表明细胞周期处于两个不同阶段。这是否表明模型运行不正常？系统可以区分多种颜色/通道，因此当存在两种不同的颜色时，软件会将背景与前景区分开来（前景是细胞层）。然而，由于某些细胞周期阶段可以通过形态学特征来识别，我们强烈建议使用细胞阶段标签来标记不同的细胞阶段。这将是确保所执行的培训（深度学习）包含您想要区分的所有细胞周期阶段不可或缺的环节。然而，由于细胞是按像素而不是“按细胞”评估的，因此在某些情况下，系统将能够自动识别细胞周期阶段，即使您没有专门针对该阶段进行培训。 系统如何执行对细胞球培养物或其他培养物的分析？scanR 系统设计用于高效处理细胞球培养物或其他类型的培养物。我们观察到一些工作流程详细信息非常适用于此应用程序。首先，我们建议您对采集的图像应用 3D 反卷积，然后执行手动注释。一个示例工作流程将涉及使用 10-20 个图像并手动分割 10 个细胞。 您能对 384 孔板中孔的边界成像吗？可以，但也存在局限性。成像孔边界的能力取决于孔板类型和所用物镜的组合。孔板有各种形式，包括裙板、半裙板和非裙板。因此，进行孔边界成像时的重要信息是孔板底部与裙板底部之间的高度差。比如，在某一点上，孔板底部到裙板底部的垂直距离会阻止高倍物镜成像，因为在该点物镜可能与孔板发生碰撞。 在这种情况下，我们强烈建议使用长工作距离物镜。具体而言，奥林巴斯提供了一系列出色的长工作距离物镜。 如何在 scanR 系统中聚焦？scanR 系统结合使用硬件和软件自动聚焦。硬件自动聚焦检测细胞的底面，而软件自动聚焦则查找样品部分。这是一个非常可靠的流程，因此一旦开始实验，您基本上可以不用照看系统。 您可以使用超分辨率转盘式系统进行高内涵筛查吗？是的，您可以使用 scanR 软件控制奥林巴斯 IXplore SpinSR 显微镜系统。使用该系统可以实现 120 nm 分辨率，然后将采集的图像导入 cellSens 软件进行进一步处理，甚至可以获得更好的结果。 在组织切片上的分割和深度学习效果如何？根据我们的经验，分割在组织切片上效果很好，特别是在使用转盘式系统时。 但只需应用 3D 反卷积，即使没有转盘式系统也能获得合格的图像。如果组织特别难以处理，则可以使用已被证明行之有效的手动注释深度学习。 手动注释为深度学习算法提供了可靠的训练集，可对其加以利用以根据用户识别学习和更好地预测分割。 |
